

まず結論
OneDriveの同期は「同じ状態にそろえる」ので、削除もそのまま広がることがあります。
大事なのは、焦って操作を増やさないこと。まずは同期を一度止めて、次にごみ箱と履歴から戻す。これが安全です。
目次
最初の3手(安全順)
同期を止めるのは「これ以上状況を変えない」ためです。ここを飛ばすと、焦って操作した分だけ“消え方”が複雑になります。
体感として、デスクトップやドキュメントが「気づかないうちにOneDrive管理」になっているケースが多いです。保存先が自分の想像とズレていると事故ります。
手順1:OneDriveのごみ箱から戻す
PC側のごみ箱より、まずクラウド側のごみ箱を見る方が早いことが多いです。
手順2:上書きしてしまった場合は「バージョン履歴」
削除ではなく上書き・置き換えの場合、戻す道はバージョン履歴になります。
対象ファイルを右クリック → 履歴(表示名は環境で変わる)から、前の版に戻せることがあります。
手順3:戻したら、同期を再開する前に確認
確認できたら同期を再開します。ここで焦って同期を戻すと、別PCの状態とぶつかって混乱しやすいです。
同期は便利ですが、誤操作も広がります。再発防止はシンプルで、OneDriveとは別に「戻れる系」を1本持つことです。
たとえば外付けで世代バックアップ(ファイル履歴/Time Machine)を用意しておくと、「同期でやらかした」を巻き戻せます。
Windowsで「デスクトップが勝手にクラウド管理」になっていると、事故が増えます。
OneDrive設定の中に、デスクトップ/ドキュメント/ピクチャをバックアップ(保護)する項目があるので、どこが対象かだけでも一度見ておくと安心です。
戻したら、PC側に反映されません
同期を止めている間は反映されません。戻したファイルがWeb上で確認できたら、同期を再開してしばらく待つのが基本です。
ごみ箱に無い場合はもう無理?
まずは履歴(バージョン)や復元機能の有無を確認します。とはいえ、保持期間を超えると厳しくなるので、重要データは別系統バックアップが現実的です。